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--- tabuchi:cttr2 [2026/05/28 03:45] – [4. 2dXafsView との連携] mtab
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 ===== - 2dXafsView との連携 =====
-　ctTr2 は 2dXafsView と連携することで、CT-XAFS データの自動解析ができます。\\
+ctTr2 は 2dXafsView と連携することで、CT-XAFS データの自動解析ができます。\\
 ここでは、そのための操作の概略を紹介します。
+以下、記号、用語として以下のものを使います。
+  - 画像データを$I$で表します。
+  - CT再構成の対象となる、角度違いで撮影された画像のセット($I_{\theta_i}$)を「CTデータ」と呼びます
+  - CT-XAFS解析のために測定した、エネルギー違いの CTデータ のセット($I_{\theta_i}^{E_j}$)を「CT-XAFSデータ」と呼びます。
+  - CTデータ($I_{\theta_i}$)を再構成して得た、スライス画像のセット($I_{S_i}$)を「CT再構成データ」と呼びます。
+  - CT再構成データ($I_{S_i}$)のエネルギー違いのセット($I_{S_i}^{E_j}$)を 「CT-XAFS再構成データ」と呼びます。
+  - CT-XAFS再構成データ($I_{S_i}^{E_j}$)から一つのスライス($S_i=S_n$)を選んで抜き出したデータセット($I_n^{E_j}$)を「2D-XAFSデータ」と呼びます。
+  - 2D-XAFSデータ($I_n^{E_j}$)を解析して得た2Dの情報(例えば価数分布)のマップ($I_n^{2D}$)を「2D解析結果」と呼びます。
+  - スライス$n$を変えて得た、2D解析結果($I_n^{2D}$)をまとめることで 3D解析結果$I^{3D}$が得られます。
   * ctTr2 側の操作
-    - ctTr2 と 2dXafsView の連携では(ネットワーク接続の関係として) 2dXafsView がサーバ(接続要求を待つ側)、
+    - ctTr2 と 2dXafsView の接続
-      ctTr2 がクライアント(接続要求を出す側)として動きます。
+      - ctTr2 と 2dXafsView の連携では(ネットワーク接続の関係として) 2dXafsView がサーバ(接続要求を待つ側)、
-    - 2dXafsView がサーバなので、先に 2dXafsView が動いている時に ctTr2 を動かすと自動的に接続されます。\\
+        ctTr2 がクライアント(接続要求を出す側)として動きます。
-      接続先はデフォルトで localhost のポート番号 6078 なので、ctTr2 が動いているのと同じ PC 上の
+      - 2dXafsView がサーバなので、先に 2dXafsView が動いている時に ctTr2 を動かすと自動的に接続されます。\\
-dXafsView に接続しようとします(ポート番号を変える時は 2dXafsView 側の設定も一緒に変える必要があります)。\\
+        接続先はデフォルトで localhost のポート番号 6078 なので、ctTr2 が動いているのと同じ PC 上の
-      設定を変える場合は config.cfg に \\
+dXafsView に接続しようとします(ポート番号を変える時は 2dXafsView 側の設定も一緒に変える必要があります)。\\
-dXafsView    [FDQN または IPアドレス] [ポート番号]\\
+        設定を変える場合は config.cfg に \\
-      と書かれた行がを入れて下さい。
+dXafsView    [FDQN または IPアドレス] [ポート番号]\\
-    - 後から 2dXafsView を動かした場合は、「CT XAFSのための追加情報」ブロックの「2dXV連携」ボタンを押して下さい。
+        と書かれた行がを入れて下さい。
-      ctTr2 から 2dXafsView に接続要求を送ります。
+      - 後から 2dXafsView を動かした場合は、「CT XAFSのための追加情報」ブロックの「2dXV連携」ボタンを押して下さい。
-    - 両者が正しく接続されている時には「2dXV連携」ボタンは水色に光ります。接続できていない時は黄色です。
+        ctTr2 から 2dXafsView に接続要求を送ります。
-    - 2dXafsView は ctTr2 から特定の 1 スライス(断面)について、エネルギー違いの 1セットのデータを受け取って解析を行います。
+      - 両者が正しく接続されている時には「2dXV連携」ボタンは水色に光ります。接続できていない時は黄色です。
-      このため、2dXafsView と連携する前に、CT-XAFS データ(エネルギー違いの CT データセット)の再構成は先に終わっている必要があります。\\
+    - 解析対象のデータの指定
-      CT再構成を行う時に「CT再構成」ブロックにある「データ自動保存」をチェックし、
+      - 2dXafsView は ctTr2 から特定の 1 スライス(断面)について、
-      フォルダを選択して CT再構成の結果を(2dXafsViewが読める)データとして保存して下さい。\\
+        エネルギー違いの 1セットのデータ(2D-XAFSデータ, $I_n^{E_j}$, $n$はスライス番号)を受け取って解析を行います。
-      (2dXafsView は画像ファイルを読んで解析することもできますが、一般に画像ファイルのでーたの精度は低いです)
+        このため、2dXafsView と連携する前に、CT-XAFS データ(エネルギー違いの CT データセット, $I_{\theta_i}^{E_j}$)の再構成は先に終わっている必要があります。\\
-    - 「CT再構成ブロック」の「データ自動保存先」に CT再構成の「連続実行」の時にデータを保存したのと同じ保存先を指定して下さい。\\
+        CT再構成を行う時に「CT再構成」ブロックにある「データ自動保存」をチェックし、
-      ctTr2 は「CT再構成」ブロックの「データ自動保存」先として選ばれたフォルダからデータを読んで 2dXafsView に送り、2dXafsView に解析を依頼します。\\
+        フォルダを選択して CT再構成の結果を(2dXafsViewが読める)データとして保存して下さい。それがCT-XAFS再構成データ($I_{S_i}^{E_j}$)になります。
-      ctTr2 の「CT XAFSのための追加情報」ブロックの機能を使って、CT再構成の「連続実行」を行った直後なら、
+        (2dXafsView は画像ファイルを読んで解析することもできますが、一般に画像ファイルのでーたの精度は低いです)
-      「データ自動保存」先は XAFS の対象となるフォルダを示しているはずですが、再構成後 ctTr2 を一度停止した場合など、
+      - 「CT再構成ブロック」の「データ自動保存先」に CT再構成の「連続実行」の時にCT-XAFS再構成データを保存したのと同じ場所を指定して下さい。\\
-      後日「連続2D(XAFS)解析」を行う場合には、「データ自動保存先」として、CT再構成の「連続実行」を行った時と同じフォルダを指定する必要があります。
+        ctTr2 は「CT再構成」ブロックの「データ自動保存」先として選ばれたフォルダからデータを読んで 2dXafsView に送り、2dXafsView に解析を依頼します。\\
-    - 同じく、後日「連続2D(XAFS)解析」を行う場合、元の CT測定のデータを読む必要はないのですが、
+        ctTr2 の「CT XAFSのための追加情報」ブロックの機能を使って、CT再構成の「連続実行」を行った直後なら、
-      解析対象のスライスを選ぶときなど、画像で見て選んだほうがやりやすいので、CTデータの読み込みも行っておくことをおすすめします。
+        「データ自動保存」先は 2D-XAFS解析 の対象となるデータがあるフォルダを示しているはずですが、再構成後 ctTr2 を一度停止した場合など、
-    - ここまで準備ができたら「CT再構成のための追加情報」ブロックの「2dXV連携」ボタンの右にある「送信」というチェックボックスに
+        後日「連続2D-XAFS解析」を行う場合には、「データ自動保存先」として、CT再構成の「連続実行」を行った時と同じフォルダを指定する必要があります。
-      チェックが入っていることを確認して下さい。
+    - 元データの指定
-      チェックが入っている状態で「スライス」を選択すると(「画像表示ウインドウ」の「元画像」タブに表示された像の上で左クリック)、そのスライスについて
+      - 同じく、後日「連続2D(XAFS)解析」を行う場合、元の CTデータやCT-XAFSデータを読む必要はないのですが、
-      エネルギー違いの一連の 2D データが 2dXafsView に送られます。
+        解析対象のスライスを選ぶときなど、画像で見て選んだほうがやりやすいので、CTデータの読み込みも行っておくことをおすすめします。
+    - 仮の2D-XAFSデータセット送信
+      - ここまで準備ができたら「CT再構成のための追加情報」ブロックの「2dXV連携」ボタンの右にある「送信」というチェックボックスに
+        チェックが入っていることを確認して下さい。
+      - チェックが入っている状態で「スライス」を選択すると(「画像表示ウインドウ」の「元画像」タブに表示された像の上で左クリック)、そのスライスについて
+        エネルギー違いの一連の 2D データが 2dXafsView に送られます。
   * 2dXafsView 側の操作
-    - ctTr2 から送られてきたデータセット(2D-XAFSのデータセットになっている)をどの様に解析するかを決めて下さい。\\
+    - 解析条件の決定
-      どの範囲を解析対象にするか、積分範囲、分析刻みをメインウインドウで決め、
+      - ctTr2 から送られてきた2D-XAFSデータセットをどの様に解析するかを決めて下さい。\\
-      「解析」ウインドウでは「LCFを行う」「成分として CuO と Cu2O の標準スペクトルを読み込む」... 等、
+        どの範囲を解析対象にするか、積分範囲、分析刻みをメインウインドウで決め、
-      通常 2dXafsView で 2D-XAFS 解析を行う時と同じ操作を行って下さい。
+        「解析」ウインドウでは「LCFを行う」「成分として CuO と Cu2O の標準スペクトルを読み込む」... 等、
-    - 条件を決めたら「解析」ウインドウで「2次元解析実行」を押して解析を行い、結果を見て必要なら解析条件を調整して下さい。
+        通常 2dXafsView で 2D-XAFS 解析を行う時と同じ操作を行って下さい。
-    - 良い条件が見つかったら「解析」ウインドウ右上の「保存条件設定」ボタンを押して下さい。\\
+      - 条件を決めたら「解析」ウインドウで「2次元解析実行」を押して解析を行い、結果を見て必要なら解析条件を調整して下さい。
-      ここで、「ベースフォルダ」として、ctTr2 と連携して行った解析結果を納めたいフォルダを指定して下さい。\\
+    - 解析結果の保存先の指定
-      「ベース名」や「追加タグ」は無くても構いません。ctTr2 と連携する際には、最低限「スライス番号」がファイル名に入ります。\\
+      - 良い条件が見つかったら「解析」ウインドウ右上の「保存条件設定」ボタンを押して下さい。\\
-      保存するファイルの形式として「PNG」「Tiff」「As Text」が複数選択できます。
+        ここで、「ベースフォルダ」として、ctTr2 と連携して行った解析結果を納めたいフォルダを指定して下さい。
-      PNG や Tiff を選ぶと、それぞれの形式の画像ファイルができます。「As Text」を選ぶと、テキストデータとして値が保存されたデータファイルができます。
+      - 「ベース名」や「追加タグ」は無くても構いません。ctTr2 と連携する際には、最低限「スライス番号」がファイル名に入ります。\\
+        保存するファイルの形式として「PNG」「Tiff」「As Text」が複数選択できます。
+        PNG や Tiff を選ぶと、それぞれの形式の画像ファイルができます。「As Text」を選ぶと、テキストデータとして値が保存されたデータファイルができます。
   * 再び ctTr2 側の操作
-    - 解析したいスライスの範囲を選んで下さい。「再構成設定」ブロックの「スライス」の
+    - 解析範囲(スライス)の決定
-      「From」、「To」に数値を入れます(「連続実行」チェックボックスがチェックされていなくても構いません)。
+      - 解析したいスライスの範囲を選んで下さい。「再構成設定」ブロックの「スライス」の
-    - ここまでで準備完了です。\\
+        「From」、「To」に数値を入れます(「連続実行」チェックボックスがチェックされていなくても構いません)。
-      「CTXAFSのための追加情報」ブロックの「2D連続解析」ボタンを押して下さい。
+    - 連続2D-XAFS解析の実効
-      ctTr2 からは、指定した範囲の各スライスのデータが順次 2dXafsView に送信され、2dXafsView 側では指定した条件で 2D-XAFS 解析が行われます。
+      - ここまでで準備完了です。\\
-      結果は 2dXafsView の「保存条件設定」で選んだフォルダに納まります。
+        「CTXAFSのための追加情報」ブロックの「2D連続解析」ボタンを押して下さい。
-    - 結果を保存するフォルダにはサブフォルダとして沢山のフォルダができます。詳細は書きませんがフォルダ名を見ると何が収まっているかはだいたいわかると思います。
+      - ctTr2 からは、指定した範囲の各スライスのデータが順次 2dXafsView に送信され、2dXafsView 側では指定した条件で 2D-XAFS 解析が行われます。
+      - 結果は 2dXafsView の「保存条件設定」で選んだフォルダに納まります。
+      - 結果を保存するフォルダにはサブフォルダとして沢山のフォルダができます。詳細は書きませんがフォルダ名を見ると何が収まっているかはだいたいわかると思います。
 ===== - 使用方法概略 =====
 ここでは ctTr2 の基本的な使い方を紹介します。\\