HX-XAFS group of Nagoya Univ. SR-Center and Aichi SR

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====== ctTr2 : CT再構成計算プログラム ======

===== - 概要 =====

CT再構成の計算を行うプログラムです。\\
あいちSR BL11S2 での測定データがそのまま読めることが特徴です。

注意 : 

  * GPU は使いませんので、GPU のパワーは不要です
  * 概算ですが, $[画像ファイルのサイズ] \times [枚数] \times 2$, 程度のメモリが必要です。\\
    例えば $ 8{\rm MB} \times 360 \times 2 = 5.8 {\rm GB} $\\
    (最後の $\times 2$ は、完全な情報を保持した元画像と、画面表示用のイメージの両方をメモリ上に持つためです)

  * <del>現状、ここで公開している windows版はマルチスレッドで走らすと落ちることが有るようです。
    メモリが潤沢で CPU パワーがある PC だとそのようなことはないので、利用できる資源の問題かもしれません。</del>
  * <del>上記で「そのようなことがない」と書いている PC は、AMD Ryzen 9 3900 (12core) + RAM 16GB です。\\
    不安定と感じているのは Surface Pro7+ (Core i7-1165G7) + RAM 16GB です。</del>
  * 2025年版ではそれほど良く落ちる感じではなくなりました。\\
    画面内に計算に使用するスレッド数の選択がでますが、これを使用している CPU のハイパースレッドの数(選択部分に分母の形で表示されます)以下、
    だいたい 80% ぐらいにしておくと効率も良くて安定するみたいです。\\
    (4コア、8スレッドなら 6ぐらい、6コア、12スレッドなら 9か10ぐらい、みたいな計算です)
===== - ダウンロード =====

  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-llvm-20251029-01.zip | 環境込 }} 2025.10.29 Win64, Qt6.9.3 + LLVM
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-llvm-20251027-01.zip | 環境込 }} 2025.10.27 Win64, Qt6.9.3 + LLVM
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-llvm-20251018-01.zip | 環境込 }} 2025.10.10 Win64, Qt6.9.3 + LLVM \\
    - 連続再構成したスライスの像をスライドショー的に見られるようにした
    - 外見の改善
    - 自動保存関連の細かな動作を改善
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-llvm-20251010-01.zip | 環境込 }} 2025.10.10 Win64, Qt6.9.3 + LLVM \\
    些細(?)な修正。CT1 と CT2 で規格化が違っていたのを統一した(より正しい CT1 に揃えた)。
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-llvm-20251004-02.zip | 環境込 }} 2025.10.04 Win64, Qt6.9.3 + LLVM \\
    2dXafsView との連携強化。
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-20250929-01.zip | 環境込 }} 2025.09.29 Win64, Qt6 \\
    2dXafsView と連携可能。指定範囲(スライス)について自動的に 2dXafsView で LCF 解析等を行い結果を保存できるようになった。
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-20250923-01.zip | 環境込 }} 2025.09.23 Win64, Qt6\\
    回転軸の原点を補正できるようにした。設定の保存と読み込みができるようにした。
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-20250922-01.zip | 環境込 }} 2025.09.22 Win64, Qt6\\
    2dXafsView での解析を前提に dat ファイルに書き込む数値の範囲に制限を設けられるようにした。
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-20250921-01.zip | 環境込 }} 2025.09.21 Win64, Qt6
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-20250920-01.zip | 環境込 }} 2025.09.20 Win64, Qt6
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-20250918-01.zip | 環境込 }} 2025.09.18 Win64, Qt6
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-20250913-01.zip | 環境込 }} 2025.09.13 Win64, Qt6
  * {{ :tabuchi:cttr2-deploy-qt6-20250911.zip | 環境込 }} 2025.09.11, Win64, Qt6
  * {{ :tabuchi:cttr2-64bit-qt5.15.2.zip | ctTr2.zip (dll等環境込み) }} 2022.02.24, Windows 64bit版, Qt5.15.2 使用

^     ^  公開/ビルド日時   ^                                                                      ^  内容物  ^  64/32bit  ^  Qt バージョン  ^                                 ^
| 1.  | 2020.10.14  | {{ :tabuchi:cttr2-64bit-qt5.15.2.zip | ctTr2.zip }}             |  環境込  |  64        |  5.14.2    |                                 

  - 上記のリストから、一番新しい日付の zip ファイルをダウンロードして展開して下さい。\\ 
    展開してできるフォルダの中には、フィアル類やフォルダが有りますが、全部そのまま一つのフォルダの中に置いておいて下さい。
    フォルダの中にある ctTr2.exe もしくは、最新の日付が名前に入った exe ファイルが実行ファイルです。
  - 上記のリストの中に、zip ファイルよりも新しい日付の exe ファイルがある時は
    そのファイルもダウンロードして、zip ファイルを展開してできるフォルダの中に入れて下さい。


===== - CT-XAFS データの再構成に特化した使用法概略 =====

この節の内容は、[[2dXafsView-ctTr2|「2dXafsView と ctTr2 の連携」]]に移動する予定です。

  - ctTr2 を起動して下さい
  - 画面中段にある「CT XAFSのための追加情報」のチェックボックスをチェックして下さい
  - 「CT XAFSのための追加情報」ブロックの中で「データフォルダ選択」を押して CT-XAFS データがあるデータフォルダを選んで下さい
    * あいちSR BL11S2 で CT-XAFS 測定を行うと、全エネルギー全角度の画像が全て収められた一つのフォルダができます。\\
      この様なフォルダにあるデータを解析対象にする時は「ASR標準」チェックボックスにチェックを入れ、
      全データが収められているフォルダを選択して下さい。
    * tidyUpCTXafs 等を使用してでデータファイルの整理を行った場合は (標準では) Energy という名前のフォルダの下に、
      測定エネルギー別のフォルダができ、その下に各エネルギーで測定された角度違いのデータが収められます。
      この様な構成のフォルダにあるデータを解析対象にする時は「ASR標準」のチェックを外し、
      Energy のフォルダを選択して下さい。
  - この時点で「CT XAFSのための追加情報」ブロックの中の「セット」ボタン(「データフォルダ選択」の行に有ります)を押すと
      最低エネルギーで測定された(角度違いの)データセットが読み込まれます。
      その像は、画面下部の画像表示部の中で「元画像」のタブを選択すると見ることができます。
  - 「CT再構成設定」ブロックの中で、「回転軸」の方向を選んで下さい。BL11S2 の標準的なセットアップなら「水平」のはずです。
  - 画像表示部の「元画像」の中で適当な場所を選び「左クリック」すると解析対象になる「スライス」を選べます。
  - 画像表示部の「元画像」の中で適当な場所を選び「右クリック」すると回転中心の位置を選択できます。
  - 適当に回転中心を選んだ後、画像表示部の「Sinogram」を選択すると、解析対象のスライスの Sinogram を見ることができます。\\
    Sinogram は横軸が解析対象の「スライス」内の「位置」縦軸が「角度」の画像です。通常 CT 測定は半周(180)で行いますが、これは
    その先の画像はX線の入射方向が裏表逆になるので左右反転するだけで $\theta-180$の画像と同一になるはずだからです。\\
    Sinogram の画像を生成する際にはこの様に考えて縦軸方向は 0 $\sim$ 360 の範囲に拡張して表示されます。\\
    この時、もし「回転中心」の推定が正しければ Sinogram 像は 180度の点を境に上下が連続に変化するはずです。
  - Sinogram を適当に拡大し(画面内でマウスホイールを回すと拡大縮小できます) 180度の境界をよく確認して、
    その点での画像が上下連続になるように「回転中心(CoR)」の数値を選んで下さい。数値は整数ではなく実数値を選べます。
  - 「回転中心」を選べたら「CT再構成」ブロックで「計算実行」してみて下さい(この時「計算実行」ボタンの右の CT1/CT2 は CT1 を選んで下さい)。
  - 画像表示部の「再構成画像」にその結果が表示されます。
  - 「再構成画像」画面の中でマウスホイールを回して画像を拡大縮小し、解析したい部分が画面中心付近に収まるようにして下さい。
  - 「再構成画像」画面の中で適切な位置とサイズを選んだ後で、「再構成画像」画面下部の「計算範囲に設定」ボタンを押して下さい。
  - 「CT XAFSのための追加情報」ブロックの中で「I0 File Set」の「選択」を押し、I0 画像のセットを選んでください。
  - 「元画像」ブロック(メインウインドウ最上部)で「BG画像」を選んで下さい。「BG画像」は1枚だけです。
  - I0 画像が選ばれてないい場合「I0 は常に定数 1 だった」と解釈されます。BG画像が選ばれていない場合「BGは常に0だった」と解釈されます。
  - 現時点では「I0画像」、「BG画像」のサイズは(測定範囲)は一致している必要が有ります。
  - 画像表示部の「元画像」の中でマウスを動かして再構成を行いたい範囲(スライス)を決め、
    その値を「CT再構成設定」ブロックの中の「From」「To」に指定して下さい。
  - さらに「連続実行」にチェックを入れます。(この時点で CT1/CT2 は自動的に CT2 が選択されますがそれが正常です)
  - 「CT再構成」ブロックで「画像自動保存」を選択すると、再構成結果を「画像」として保存できます。\\
    「選択」ボタンを押して画像を保存するフォルダを選び「ファイル名」を付けて「保存/Save」して下さい。
    ここで選ぶ名前は、この後解析が進んだ時に実際に保存されるファイル名の「ベース名」になります。(拡張子は無視されます)
  - 「CT再構成」ブロックで「データ自動保存」を選択すると、再構成結果を「データ」として保存できます。\\
    「選択」ボタンを押して画像を保存するフォルダを選び「ファイル名」を付けて「保存/Save」して下さい。
    ここで選ぶ名前は、この後解析が進んだ時に実際に保存されるファイル名の「ベース名」になります。(拡張子は無視されます)
  - 「CT再構成」ブロックで「サブフォルダに保存」を選ぶと、再構成して得たスライス像を全部同じ場所に置くのではなく、\\
    サブフォルダを作って整理しながら保存することができます。\\
    その際、スライス名のフォルダに収めるか、エネルギー名のフォルダーに収めるかを併せて選択して下さい。
    (各スライスのエネルギー違いの像のセットは、2D-XAFS 測定結果と同じ扱いができますので、スライス単位で整理しておくがオススメです)
  - ここまで準備ができたら「CT XAFSのための追加情報」ブロックの中で「連続実行」ボタンを押して下さい。\\
    エネルギー違いのデータセットを順に選びながら、それぞれのデータセットに対して「連続実行」で選択した範囲のスライスの最高性を行い、
    その結果を「自動保存」で選択した場所に保存します。
    
    
===== - 使用方法概略 =====
ここでは ctTr2 の基本的な使い方を紹介します。
{{ :tabuchi:cttr2mainwin.png?direct&400|メインウィンドウ}}
{{ :tabuchi:ctwin.png?direct&400|再構成結果の表示}}
{{ :tabuchi:sinowin.png?direct&400|シノグラム表示}}

      

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