tabuchi:cttr2
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| tabuchi:cttr2 [2025/09/30 04:23] – [3. CT-XAFS データの再構成に特化した使用法概略] mtab | tabuchi:cttr2 [2025/10/29 13:23] (現在) – [2. ダウンロード] mtab | ||
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| 行 7: | 行 7: | ||
| 注意 : | 注意 : | ||
| - | * 現状、ここで公開している windows版はマルチスレッドで走らすと落ちることが有るようです。 | + | |
| - | メモリが潤沢で CPU パワーがある PC だとそのようなことはないので、利用できる資源の問題かもしれません。 | + | |
| * GPU は使いませんので、GPU のパワーは不要です | * GPU は使いませんので、GPU のパワーは不要です | ||
| - | * 上記で「そのようなことがない」と書いている PC は、AMD Ryzen 9 3900 (12core) + RAM 16GB です。\\ | ||
| - | 不安定と感じているのは Surface Pro7+ (Core i7-1165G7) + RAM 16GB です。 | ||
| * 概算ですが, | * 概算ですが, | ||
| 例えば $ 8{\rm MB} \times 360 \times 2 = 5.8 {\rm GB} $\\ | 例えば $ 8{\rm MB} \times 360 \times 2 = 5.8 {\rm GB} $\\ | ||
| (最後の $\times 2$ は、完全な情報を保持した元画像と、画面表示用のイメージの両方をメモリ上に持つためです) | (最後の $\times 2$ は、完全な情報を保持した元画像と、画面表示用のイメージの両方をメモリ上に持つためです) | ||
| + | |||
| + | * < | ||
| + | メモリが潤沢で CPU パワーがある PC だとそのようなことはないので、利用できる資源の問題かもしれません。</ | ||
| + | * < | ||
| + | 不安定と感じているのは Surface Pro7+ (Core i7-1165G7) + RAM 16GB です。</ | ||
| + | * 2025年版ではそれほど良く落ちる感じではなくなりました。\\ | ||
| + | 画面内に計算に使用するスレッド数の選択がでますが、これを使用している CPU のハイパースレッドの数(選択部分に分母の形で表示されます)以下、 | ||
| + | だいたい 80% ぐらいにしておくと効率も良くて安定するみたいです。\\ | ||
| + | (4コア、8スレッドなら 6ぐらい、6コア、12スレッドなら 9か10ぐらい、みたいな計算です) | ||
| ===== - ダウンロード ===== | ===== - ダウンロード ===== | ||
| + | * {{ : | ||
| + | * {{ : | ||
| + | * {{ : | ||
| + | - 連続再構成したスライスの像をスライドショー的に見られるようにした | ||
| + | - 外見の改善 | ||
| + | - 自動保存関連の細かな動作を改善 | ||
| + | * {{ : | ||
| + | 些細(? | ||
| + | * {{ : | ||
| + | 2dXafsView との連携強化。 | ||
| * {{ : | * {{ : | ||
| 2dXafsView と連携可能。指定範囲(スライス)について自動的に 2dXafsView で LCF 解析等を行い結果を保存できるようになった。 | 2dXafsView と連携可能。指定範囲(スライス)について自動的に 2dXafsView で LCF 解析等を行い結果を保存できるようになった。 | ||
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| ===== - CT-XAFS データの再構成に特化した使用法概略 ===== | ===== - CT-XAFS データの再構成に特化した使用法概略 ===== | ||
| - | この節の内容は、[[2dXafsView-ctTr2|「2dXafsView と ctTr2 の連携」]]に移しました。 | + | この節の内容は、[[2dXafsView-ctTr2|「2dXafsView と ctTr2 の連携」]]に移動する予定です。 |
| + | - ctTr2 を起動して下さい | ||
| + | - 画面中段にある「CT XAFSのための追加情報」のチェックボックスをチェックして下さい | ||
| + | - 「CT XAFSのための追加情報」ブロックの中で「データフォルダ選択」を押して CT-XAFS データがあるデータフォルダを選んで下さい | ||
| + | * あいちSR BL11S2 で CT-XAFS 測定を行うと、全エネルギー全角度の画像が全て収められた一つのフォルダができます。\\ | ||
| + | この様なフォルダにあるデータを解析対象にする時は「ASR標準」チェックボックスにチェックを入れ、 | ||
| + | 全データが収められているフォルダを選択して下さい。 | ||
| + | * tidyUpCTXafs 等を使用してでデータファイルの整理を行った場合は (標準では) Energy という名前のフォルダの下に、 | ||
| + | 測定エネルギー別のフォルダができ、その下に各エネルギーで測定された角度違いのデータが収められます。 | ||
| + | この様な構成のフォルダにあるデータを解析対象にする時は「ASR標準」のチェックを外し、 | ||
| + | Energy のフォルダを選択して下さい。 | ||
| + | - この時点で「CT XAFSのための追加情報」ブロックの中の「セット」ボタン(「データフォルダ選択」の行に有ります)を押すと | ||
| + | 最低エネルギーで測定された(角度違いの)データセットが読み込まれます。 | ||
| + | その像は、画面下部の画像表示部の中で「元画像」のタブを選択すると見ることができます。 | ||
| + | - 「CT再構成設定」ブロックの中で、「回転軸」の方向を選んで下さい。BL11S2 の標準的なセットアップなら「水平」のはずです。 | ||
| + | - 画像表示部の「元画像」の中で適当な場所を選び「左クリック」すると解析対象になる「スライス」を選べます。 | ||
| + | - 画像表示部の「元画像」の中で適当な場所を選び「右クリック」すると回転中心の位置を選択できます。 | ||
| + | - 適当に回転中心を選んだ後、画像表示部の「Sinogram」を選択すると、解析対象のスライスの Sinogram を見ることができます。\\ | ||
| + | Sinogram は横軸が解析対象の「スライス」内の「位置」縦軸が「角度」の画像です。通常 CT 測定は半周(180)で行いますが、これは | ||
| + | その先の画像はX線の入射方向が裏表逆になるので左右反転するだけで $\theta-180$の画像と同一になるはずだからです。\\ | ||
| + | Sinogram の画像を生成する際にはこの様に考えて縦軸方向は 0 $\sim$ 360 の範囲に拡張して表示されます。\\ | ||
| + | この時、もし「回転中心」の推定が正しければ Sinogram 像は 180度の点を境に上下が連続に変化するはずです。 | ||
| + | - Sinogram を適当に拡大し(画面内でマウスホイールを回すと拡大縮小できます) 180度の境界をよく確認して、 | ||
| + | その点での画像が上下連続になるように「回転中心(CoR)」の数値を選んで下さい。数値は整数ではなく実数値を選べます。 | ||
| + | - 「回転中心」を選べたら「CT再構成」ブロックで「計算実行」してみて下さい(この時「計算実行」ボタンの右の CT1/CT2 は CT1 を選んで下さい)。 | ||
| + | - 画像表示部の「再構成画像」にその結果が表示されます。 | ||
| + | - 「再構成画像」画面の中でマウスホイールを回して画像を拡大縮小し、解析したい部分が画面中心付近に収まるようにして下さい。 | ||
| + | - 「再構成画像」画面の中で適切な位置とサイズを選んだ後で、「再構成画像」画面下部の「計算範囲に設定」ボタンを押して下さい。 | ||
| + | - 「CT XAFSのための追加情報」ブロックの中で「I0 File Set」の「選択」を押し、I0 画像のセットを選んでください。 | ||
| + | - 「元画像」ブロック(メインウインドウ最上部)で「BG画像」を選んで下さい。「BG画像」は1枚だけです。 | ||
| + | - I0 画像が選ばれてないい場合「I0 は常に定数 1 だった」と解釈されます。BG画像が選ばれていない場合「BGは常に0だった」と解釈されます。 | ||
| + | - 現時点では「I0画像」、「BG画像」のサイズは(測定範囲)は一致している必要が有ります。 | ||
| + | - 画像表示部の「元画像」の中でマウスを動かして再構成を行いたい範囲(スライス)を決め、 | ||
| + | その値を「CT再構成設定」ブロックの中の「From」「To」に指定して下さい。 | ||
| + | - さらに「連続実行」にチェックを入れます。(この時点で CT1/CT2 は自動的に CT2 が選択されますがそれが正常です) | ||
| + | - 「CT再構成」ブロックで「画像自動保存」を選択すると、再構成結果を「画像」として保存できます。\\ | ||
| + | 「選択」ボタンを押して画像を保存するフォルダを選び「ファイル名」を付けて「保存/ | ||
| + | ここで選ぶ名前は、この後解析が進んだ時に実際に保存されるファイル名の「ベース名」になります。(拡張子は無視されます) | ||
| + | - 「CT再構成」ブロックで「データ自動保存」を選択すると、再構成結果を「データ」として保存できます。\\ | ||
| + | 「選択」ボタンを押して画像を保存するフォルダを選び「ファイル名」を付けて「保存/ | ||
| + | ここで選ぶ名前は、この後解析が進んだ時に実際に保存されるファイル名の「ベース名」になります。(拡張子は無視されます) | ||
| + | - 「CT再構成」ブロックで「サブフォルダに保存」を選ぶと、再構成して得たスライス像を全部同じ場所に置くのではなく、\\ | ||
| + | サブフォルダを作って整理しながら保存することができます。\\ | ||
| + | その際、スライス名のフォルダに収めるか、エネルギー名のフォルダーに収めるかを併せて選択して下さい。 | ||
| + | (各スライスのエネルギー違いの像のセットは、2D-XAFS 測定結果と同じ扱いができますので、スライス単位で整理しておくがオススメです) | ||
| + | - ここまで準備ができたら「CT XAFSのための追加情報」ブロックの中で「連続実行」ボタンを押して下さい。\\ | ||
| + | エネルギー違いのデータセットを順に選びながら、それぞれのデータセットに対して「連続実行」で選択した範囲のスライスの最高性を行い、 | ||
| + | その結果を「自動保存」で選択した場所に保存します。 | ||
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tabuchi/cttr2.1759206214.txt.gz · 最終更新: by mtab
